Het Nationaal Comité Sint Pannekoek is op 17 augustus 2016 op initiatief van Jan Kruis opgericht en bestaat uit de organisatoren van Sint Pannekoek Groningen en Sint Pannekoek Rotterdam. Daarnaast was Jan Kruis beschermheer van het Comité.

Het Nationaal Comité Sint Pannekoek faciliteert lokale organisaties om Sint Pannekoek te vieren. Daarbij worden materialen ter beschikking gesteld, draaiboeken gedeeld, etc. Maar ook kunnen de lokale organisaties gebruik maken van de sponsors van het Nationaal Comité. Daarbij dient de lokale organisatie de opbrengsten te doneren aan een goed doel. Dit goede doel werkt bij voorkeur lokaal, heeft geen religieuze of politieke doelstelling.